Cục Hải quan TP Đà Nẵng là đơn vị trực thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tổ chức thực hiện pháp luật của nhà nước về hải quan và các quy định khác của pháp luật có liên quan trên địa bàn hoạt động, tạo điều kiện thuận lợi về hải quan đối với hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh lãnh thổ Việt Nam.

Sau ngày giải phóng Đà Nẵng (29/3/1975), ngày 18/4/1975 Bộ Ngoại thương có Quyết định số 322/BNT/TCCB cử 03 cán bộ của Cục Hải quan Trung ương từ Hà Nội vào Đà Nẵng tiếp quản cơ sở vật chất của Ty Chánh thu quan thuế Đà Nẵng (chế độ cũ) tại 250-254 Bạch Đằng TP Đà Nẵng; đến ngày 03/11/1975 Bộ Ngoại thương có Quyết định số 1014/BNT-TCCB thành lập Chi cục Hải quan Quảng Nam-Đà Nẵng, nay là Cục Hải quan TP Đà Nẵng; biên chế có 30 đồng chí. Trong những năm đầu mới thành lập, cơ sở vật chất khó khăn, thiếu thốn; nhiệm vụ phải quản lý giám sát tàu, hàng ở các cảng biển Miền Trung, với một địa bàn dài trên 750 km từ Bán đảo Sơn Trà (Đà Nẵng) tới Vịnh Cam Ranh (tỉnh Khánh Hoà). Nhưng cán bộ, công chức Hải quan Quảng Nam-Đà Nẵng đã khắc phục mọi trở ngại, tập trung phấn đấu thực hiện quản lý hàng hoá xuất nhập khẩu, phương tiện và người xuất nhập cảnh; xây dựng cơ sở vật chất, góp phần giải quyết những khó khăn của địa phương mới vừa giải phóng. đến nay, lĩnh vực quản lý hải quan trên địa bàn đa dạng, đủ các loại hình: đường biển, đường hàng không, khu công nghiệp, kho ngoại quan, bưu điện...;

Đến nay đơn vị có tổng số CBCC, nhân viên hợp đồng lao động: 251 người; biên chế là 220 người, còn lại là hợp đồng lao động theo Nghị định 68/CP, được bố trí công tác tại 16 đơn vị thuộc và trực thuộc Cục gồm: 06 chi cục (Chi Cục Hải quan cửa khẩu Cảng Đà Nẵng KVI, Chi Cục Hải quan cửa khẩu Cảng Đà Nẵng KVII, Chi Cục Hải quan cửa khẩu Sân bay Quốc tế Đà Nẵng, Chi Cục Hải quan KCN Đà Nẵng, Chi Cục Hải quan KCN Hòa Khánh - Liên Chiểu, Chi cục Kiểm tra sau thông quan); 02 đội kiểm soát (Đội Kiểm soát hải quan, Đội Kiểm soát phòng chống ma tuý); 07 phòng tham mưu giúp việc (Phòng Nghiệp vụ, Phòng Trị giá tính thuế, Phòng Tham mưu xử lý vi phạm và thu thập xử lý thông tin nghiệp vụ hải quan, Phòng Kiểm tra - Thanh tra, Phòng Tổ chức cán bộ, Phòng Tài vụ Quản trị, Văn phòng Cục); và 01 Trung tâm Dữ liệu và CNTT.

Trải qua hơn 30 năm, dù trong từng giai đoạn lịch sử, với những tên gọi khác nhau như: Chi Cục Hải quan Quảng Nam - Đà Nẵng, Hải quan tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng, Cục Hải quan TP Đà Nẵng, nhưng chức năng, nhiệm vụ vẫn không thay đổi, đó là thực hiện công tác quản lý Nhà nước về Hải quan trên địa bàn quản lý.

Trong hơn 30 năm qua Cục Hải quan TP Đà Nẵng đã làm thủ tục thông quan: hơn 22.000 chuyến tàu biển, 6000 chuyến máy bay cùng với hơn 600.000 khách du lịch xuất nhập cảnh. Tổng kim ngạch xuất nhập khẩu hơn 7 tỷ USD, thu nộp ngân sách Nhà nước trên 9.000 tỷ đồng.

Những nỗ lực và kết quả đạt được, Cục Hải quan TP Đà Nẵng vinh dự nhận được nhiều phần thưởng của Nhà nước, Chính phủ, các Bộ Ngành, UBND tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng và TP Đà Nẵng. Đặc biệt năm 2005 Cục Hải quan TP Đà Nẵng được Chủ tịch nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam quyết định tặng thưởng Huân chương lao động hạng 3 cho tập thể cán bộ chiến sĩ đơn vị vì đã có thành tích 30 năm phấn đấu hoàn thành tốt nhiệm vụ.

Cùng với trưởng thành về công tác chuyên môn nghiệp vụ, Cục Hải quan TP Đà Nẵng luôn quan tâm đến hiện đại hóa trong công tác quản lý hải quan. Từ chỗ toàn bộ thủ tục hải quan đều làm thủ công, đến nay các khâu công tác từ đăng ký tờ khai, cập nhật số liệu hàng hóa xuất nhập khẩu, kế toán thuế, cho đến thống kê báo cáo, đơn vị đều ứng dụng các chương trình tin học.

Đất nước vẫn tiếp tục đi lên, TP Đà Nẵng đang khẩn trương xây dựng phát triển kinh tế - xã hội, chạy đua với thời gian để trở thành trung tâm kinh tế thương mại của khu vực. Một chặng đường vinh quang, nhưng cũng không ít khó khăn phức tạp đang ở phía trước đòi hỏi cán bộ chiến sĩ Cục Hải quan TP Đà Nẵng phải phấn đấu nỗ lực hơn nữa, cải cách hơn nữa và phải thực hiện tốt hiện đại hóa, tiếp tục đổi mới phong cách làm việc và tư duy quản lý để góp phần thực hiện thắng lợi những mục tiêu chung của Ngành và TP Đà Nẵng đề ra.

Ngày 10 tháng 9 năm 1945 theo sắc lệnh số 27-SL của Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt Nam dân chủ Cộng hoà, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Võ Nguyên Giáp, thay mặt Chính phủ ký thành lập “Sở thuế quan và thuế gián thu”. Với mục đích thiết lập chủ quyền thuế quan của nước Việt Nam độc lập, đảm bảo việc kiểm soát hàng hoá XNK và duy trì nguồn thu ngân sách từ hoạt động này.

Ngày 29 tháng 5 năm 1946 theo sắc lệnh số 75-SL của Chủ tịch Hồ Chí Minh về tổ chức của Bộ Tài chính, Sở Thuế quan và thuế gián thu được đổi thành Nha Thuế quan và Thuế gián thu thuộc Bộ Tài chính.

Ngày 4 tháng 7 năm 1951 Bộ trưởng Bộ Tài chính Lê Văn Hiến đã ký Nghị định số 54/NĐ quy định lại tổ chức của Bộ Tài chính và Nha Thuế quan và Thuế gian thu được đổi thành Cơ quan Thuế XNK.

Ngày 14 tháng 12 năm 1954 Bộ trưởng Bộ Công thương Phan Anh ký Nghị định số 136-BCT/KB/NĐ thành lập Sở Hải quan thay thế cơ quan thuế XNK thuộc Bộ Công thương.

Ngày 17 tháng 2 năm 1962 để thực hiện Điều lệ Hải quan (ban hành ngày 27/2/1960) Thứ trưởng Bộ Ngoại thương Lý Ban ký Quyết định số 490/BNT/QĐ-TCCB đổi tên Sở Hải quan thành Cục Hải quan. Lúc này Cục Hải quan trực thuộc Bộ Ngoại thương.

Ngày 25 tháng 4 năm 1984 Thực hiện Nghị quyết số 68/HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng về đẩy mạnh chống buôn lậu và thành lập Tổng cục Hải quan, và Nghị quyết số 547/NQ-HĐNN ngày 30/8/1984 Hội đồng Nhà nước phê chuẩn thành lập Tổng Cục Hải quan và ngày 20/10/1984 Phó Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng Tô Hữu ký Nghị định số 139/HĐBT quy định nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức của Tổng cục Hải quan. Tổng cục Hải quan trực thuộc Chính phủ

Ngày 4 tháng 9 năm 2002 theo Quyết định số 113/2002/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ Tổng Cục Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính.